教堂的另外一個重點是彩色玻璃，在教堂內的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺凸顯出圣經里的人物或是故事，如為基督教徒會被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內部總共有56個玻璃窗，31個圓形的玫瑰圖案以及25個彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個玻璃窗只有4個是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當地主教的居民進行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。

隨著禁令的毀滅浪潮席卷而來，傳統彩繪玻璃的技藝幾乎失傳，直到下一個世紀才被重新發現。19世紀初，英格蘭天主教復蘇，帶動了中世紀教堂哥特式風格的復興，約翰·羅斯金等人擁護“真正的天主教風格”。許多古老的教堂得到恢復，也促進了彩繪玻璃窗制作的復興。法國許多教堂在大革命期間也遭到了破壞，從1824年開始，法國瓷器制造商開始生產彩繪玻璃以適應這個時代修復教堂的需求，有許多中世紀優美的彩繪花窗得到了恢復。
在之后也是有人統計，著名的彩繪玻璃一共有著176片，登場的人物也是多達五千人以上，幾乎全部都是十二三世紀的作品，在所有的教堂當中，沙特爾大教堂中的彩繪玻璃，也是保存的非常的完好了